ด้านปฏิบัติการ หอบังคับการบินตราด รับผิดชอบดำเนินภารกิจด้านการควบคุมจราจรทางอากาศ บริเวณน่านฟ้าเหนือท่าอากาศยานตราด ในรัศมีทำการด้านทิศเหนือ 25 ไมล์ทะเล และด้านทิศใต้ 15 ไมล์ทะเล ที่ความสูงจากพื้นดินไม่เกิน 11,000 ฟุต โดยให้บริการควบคุมการจราจรทางอากาศแก่อากาศยานทุกลำ ทุกประเภท ไม่ว่าจะเป็นอากาศยานของทหาร พลเรือน และอากาศยานพาณิชย์ต่างๆ ที่ทำการบินเข้ามาในเขตท่าอากาศยานตราด โดยจัดลำดับให้อากาศยายขึ้น-ลง ท่าอากาศยานหัวหินให้เกิดความสะดวก รวดเร็ว และปลอดภัย